組織架構

1. 本會現有員額編制職員289名，技工76名，計365名，另工友27人，總計392人，除會長、總幹事、主任工程師外另有工務、管理、財務、總務四組，主計、人事、輔導、資訊四室，計八組室十八股，並置北港、虎尾、西螺、斗六、林內等五區管理處，除林內區管理處置業務、管理股外，其他管理處均各置工務、管理、行政三股，另設置五十四個工作站(灌溉工作站四十二站、水源工作站一站、幹線工作站三站、水路工作站八站)。
2. 本會因基於業務需要僱用二十七名約僱人員。
3. 本會臨時人員僱用很少，皆屬短期性質之僱用，如業務確實需要才予以續僱。
   

考核獎懲與服務

1. 考核:員工年終考核之評分均以平時考核紀錄之資料為依據，平時考核等資料彙整後提交人評會審議，職員考列甲等原則不超過七五% 。
2. 獎懲:公平客觀確實原則下，先送人評會審議並以[台灣省農田水利員工獎懲基準]為依據。
3. 差勤管理:均依農田水利會加強勤惰管理抽查要點及本會員工出勤管理抽查要點辦理，本會及管理處不定期派員抽查員工勤惰及辦公情形，並將查勤報告呈送會長核閱後列入紀錄 。
4. 本會為從嚴審核員工出差以戶杜浮濫，於去八十五年間訂定出差最高月限日，業務人員:工程人員及管理人員出差最高十三天，一般行政人員出差最高月限六天，如因實際業務需要出差超越日數或本會事業區域外出差月累計四天以上者均應報由會長核准 。
5. 加強員工在職訓練提高員工素質，派參加水利處有關機舉辦各種訓練外，本會也自辦在職訓練 。