(一)民國63年9月14日，奉行政院(台)(63)經字第7013號函，依照「台灣省加速農村建設時期，健全農田水利會實施要點」，核定合併原竹山、斗六農田水利會全部灌區及嘉南農田水利會濁幹線系統灌區，於民國64年1月1日成立雲林農田水利會，並派林俊惠先生擔任雲林農田水利會會長。

(二)民國70年12月健全案實施結束，恢復會員代表會制度，於民國71年5月20日第一屆會員代表大會成立，並選出陳新登先生為第一屆會長，民國75年5月陳新登先生連任第二屆會長。民國79年5月第三屆會員代表大會，選出張輝元先生為第三屆會長。

(三)民國83年5月31日結束選舉方式，於同年6月1日由政府以遴派方式產生會務委員29名，並遴派張輝元先生為第一屆會長。民國87年6月張輝元先生連任第二屆遴派會長。

(四)民國90年6月20日總統華總一義字第9000120780號令修正「農田水利會組織通則」，自民國91年起，會長及會務委員由全體會員直接選舉產生；由張輝元先生當選第一屆直選會長，並直選會務委員29名。民國95年6月張輝元先生當選第二屆直選會長。

(五)民國99年6月林文瑞先生當選第三屆直選會長，並直選會務委員29名。