目前水利會運作方式，表面上仍然依循民國四十及五十年代以水稻生產為目的而制定之方針。實際上自民國六十年以後稻米生產過剩，政府相繼有稻穀保證價格，轉作和休耕等措施，農民收入與其他非農民收入相差不斷擴大。水利會營運上之財務困難也隨著加劇。為突破現狀的困境水利會營運新方向，個人以為應：

1.水利會重新定位：

為適應加入市貿組織（WTO），農業轉型後水利會可考慮下列之重新定位。

• 協助政府確保國家之糧食生產。
  
  
• 執行以農民利潤及前提之彈性耕作方式，以增加農民收入，協助政府達成照顧農民，安定社會之任務。
  
  
• 協助政府達成三生之農業政策。
  
  
• 執行省水之灌溉，協助政府能決非農業用水標的之缺水瓶頸。
  
  
• 進行多角化經營策略。
  

2.修正水利會運作規範：

現行五十年代制定之運作規範應塑造重新定位之水利會，全面以修正符合轉型後之農業環境。水利會有了明確新運作規範後，所需營運費用即可確定。政府及社會大眾信服之合理會費，亦可拱手而得。